虽然FC版的忍者龙剑传是一款动作游戏，但是其游戏剧情的连贯性还是十分出色的，以及在当时所采用的过场动画叙事手法，给那个年代的许多玩家带来了很深的印象，就在游戏的开场，一个月圆之夜，两名忍者在草原上展开激烈的搏斗，一方倒下了，而主人公龙的父亲是和某位高手的决斗被打败了，究竟是为什么需要用这种残酷的方式决斗并被杀害，这一切我们不得而知。就在父亲死后的第二天，我们在他的房间里发现了一封留给主角的信——我现在要战斗了。如果我不回来的话，你可以从我们的家族拿到龙之剑，去拜访美国一位名叫沃尔特·史密斯的考古学家。英雄龙誓为他父亲报仇。
游戏的第一章就在龙刚抵达美国的同时，就遭到了某神秘组织的攻击，随后进入酒吧在击败敌人以后，龙似乎还在猜测敌人来历，有位神秘的女子出现在龙的背后，龙对此却全然不知，却被该女子放暗枪击倒在地。
游戏的第二章节，龙在昏迷了一段时间后苏醒了过来，发现自己被关在牢房之中，随后神秘女子走出将一个神秘的雕像交给了龙，并要求龙带着雕像逃走，龙还没有发问，神秘女子就连忙催龙赶快逃离，有敌人袭来。就在一路过关斩将打败了最后的保卫人员以后，逃离了这座监狱。但是龙对雕像还是感到非常的疑惑，以及神秘女子的真实身份到底是谁，不过当下任务还是要先赶到史密斯先生那里。
游戏的第三章，史密斯先生大喊是谁，随后龙赶忙向史密斯先生道出了自己的身份之后，史密斯便道出了事情的真相，原来史密斯先生同龙的父亲在南美亚马逊发现了一处遗迹，在遗迹中发现了这块神秘的雕像，这个邪恶的神像内封印着一个能够将一个大国完全毁灭的邪恶之力，一代邪神降临就会诅咒世界带来死亡，就在解释的途中突然冲出一名谜一样的忍者。
忍者将神像盗走，这可大事不妙，随后龙便前去追赶，在一路追赶下，龙也追到了那名神秘人者将其打败，夺回了神像，可是龙此时的胸中涌起了一股莫名其妙的感觉，要赶紧回去。特使带龙赶到之时，史密斯先生已被人暗杀，并且说出了神像被盗走，只有两块雕像在一起才能够使用，必须要赶快阻止他们，就在隼龙不知所措时，中情局专线队长福斯特主动联系了他。
此前偷袭他的女性名叫艾琳，并且一直潜伏在邪鬼王旗下的恐怖组织中，之所以这样做，是为了能够借助隼龙的力量找到史密斯，没想到却被敌人趁机暗杀，邪鬼王已经准备召唤邪神了。情况紧急，只能让龙深入虎穴，阻止协会组织的复活协商计划。
当隼龙突破重重难关，却在协会组织的潮水中发现了被控制的父亲以及被协会组织的头领邪鬼王所挟持的艾琳，在这个紧要关头，父亲挣脱了敌人的操控，为龙挡住敌人的致命一击，归西而去。而愤怒的隼龙用尽了一切办法这打败了邪鬼王，我们没想到的是，日食和雕像主持的复活仪式无法逆转，邪恶的最终BOSS终于复活了。
小编抱着模拟器，在一番艰苦战斗之后，最终BOSS邪神被打倒，龙终于脱下了面罩，同艾琳相拥一起，互相表达了爱意，一起欣赏大地之上的日出，此后的故事就是忍者龙剑传2了。
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